Родился в 1957 году. В 1981 году он с отличием закончил Уфимский нефтяной институт, где специализировался по технологиям и комплексной механизации развития нефтяных и газовых месторождений. Доктор технических наук и автор нескольких научных трудов.

Начинал свою карьеру на острове Сахалин, куда приехал в 1981 году после окончания института. В 1993 году он становится Генеральным директором компании «Сахалинморнефтегаз». В 1997 году Сергея Богданчикова назначают вице-президентом компании «Роснефть». В этой должности он занимается координацией деятельности Компании на шельфовой зоне острова Сахалин, а также другими проектами в дальневосточном регионе. 14 октября 1998 года распоряжением Правительства Российской Федерации Богданчиков становится президентом компании «Роснефть».