Родился 9 июня 1954 г. в Улан-Удэ (Бурятия).

В 1980 году закончил Дальневосточное высшее инженерное морское училище им. адмирала Г.И.Невельского по специальности эксплуатация водного транспорта.

После окончания училища А.Давыденко работал сменным инженером-технологом, инженером-технологом, начальником 6 причала, и.о. начальника контейнерного отдела управления порта, начальником контейнерного отдела Владивостокского морского торгового порта.

В период с 1984 по 1988 гг. работал на руководящих должностях на Московской железной дороге, с 1988 по 1995 гг. – в Министерстве морского флота СССР, затем в Министерстве транспорта РФ.

В 1995 г. назначен генеральным директором ЗАО "Центр-ТЭК" (г. Москва), в 1997 г. – генеральным директором ЗАО "Морцентр-ТЭК" (г.Москва).

В январе 2005 г. назначен директором департамента государственной политики в области железнодорожного, морского и речного транспорта Министерства транспорта Российской Федерации.

Имеет ученую степень - кандидат экономических наук.

Распоряжением Правительства Российской Федерации № 1351р от 03.09.2005 г. Александр Александрович Давыденко назначен Руководителем Федерального агентства морского и речного транспорта.